Al Capone, de 47 años de edad, después de 10 años en prisión, comienza a sufrir demencia, y llega a ser perseguido por su violento pasado.

El destino del planeta Tierra pende de un hilo cuando los miembros de la Liga de la Justicia se enfrentan a una nueva y peligrosa amenaza: los denominados "Fatal Five".

Después de enfrentarse a Shredder, que ha unido fuerzas con el científico loco Baxter Stockman y sus secuaces Bebop y Rocksteady para conquistar el mundo, las Tortugas deben enfrentarse a un enemigo aún mayor: el famoso Krang.