En 1879, Kenshin y sus aliados se enfrentan a los enemigos más poderosos que jamás hayan conocido: su excuñado Enishi Yukishiro y sus secuaces, que juraron venganza.

Un empleado de oficina de mediana edad se encuentra con extraterrestres y estos le entregan tecnología alienígena y poderes ilimitados.

Kenshin entrena con su maestro para aprender las últimas técnicas que necesita para evitar que Shishio dé un golpe de estado y hunda en el caos al Japón.

Kenshin Himura, el exguerrero, acepta a regañadientes hacerse cargo de acabar con un plan para derrocar a los Meiji, con ayuda de asesinos a sueldo.